Dans des cas d'indisponibilité prévus par la loi (R.4127-65 du code de la santé publique), vous pouvez décider de vous faire remplacer par un médecin ou un étudiant en médecine qui exercera son activité professionnelle auprès de votre clientèle et au sein de votre cabinet.
Quelles sont les conséquences fiscales d'un tel remplacement ?

Le statut du médecin remplaçant

Le médecin remplaçant est considéré fiscalement comme un travailleur indépendant. Il exerce son activité médicale à titre libéral dès lors que les modalités du contrat de remplacement ne le placent pas dans une situation de subordination. Il perçoit des honoraires. Il ne s'agit en aucun cas d'un salarié.

Les obligations fiscales du médecin remplacé et du médecin remplaçant

- Les obligations fiscales du médecin remplacé
Le médecin remplacé doit, d'une part, déclarer (sur sa déclaration fiscale de résultats), au titre de ses recettes brutes, le montant de ses honoraires ainsi que la totalité des ceux perçus par le remplaçant et, d'autre part, déduire de ce montant brut celui des honoraires rétrocédés à ce dernier.

Parallèlement, le médecin remplacé est tenu de déclarer le montant des honoraires rétrocédés par le biais de la Déclaration Annuelle des Données sociales (DADS). Cette déclaration peut être souscrite en même temps que la déclaration de résultats. Lorsque le médecin remplacé emploie des salariés, l'imprimé à remplir est le DADS1, lequel devra être adressé à l'URSSAF. Lorsque le médecin remplacé n'a pas de salariés, l'imprimé à remplir est le DAS2, lequel devra être adressé à la Direction des Services Fiscaux.

- Les obligations fiscales du médecin remplaçant
Le remplaçant est soumis à la fiscalité des professions libérales au titre des bénéfices non commerciaux. Il peut aussi  adhérer à une Association de Gestion Agréée (AGA) dans les trois mois suivant le début du premier remplacement.
Cependant, il ne bénéficie pas du régime fiscal spécifique aux médecins conventionnés Secteur I.

Le régime fiscal du médecin remplaçant

- Imposition dans la catégorie des Bénéfices Non Commerciaux
Comme le médecin installé, le médecin remplaçant doit déclarer ses revenus issus du remplacement dans la catégorie des bénéfices non
commerciaux.

- Lorsque ses recettes annuelles sont inférieures ou égales à 32 000 euros HT, le médecin remplaçant bénéficie du régime « micro BNC » et
porte le montant brut de ses recettes sur la déclaration d'ensemble des revenus n° 2042 C. Le bénéfice net imposable est, alors, déterminé par
l'administration en appliquant aux recettes brutes un abattement forfaitaire égal à 34% représentatif de l'ensemble des charges (avec un minimum de 305 euros).
Le remplaçant peut toutefois opter pour le régime de la déclaration contrôlée.

- Lorsque ses recettes annuelles sont supérieures à 32 000 euros HT, le médecin remplaçant est obligatoirement soumis au régime de la déclaration
contrôlée.
Il est alors tenu de respecter certaines obligations comptables. Il doit comptabiliser les honoraires perçus lors de ses remplacements sur un livre
des recettes et  énumérer les frais payés et justifiés sur un livre des dépenses. En outre, le matériel immobilisable dont il a fait l'achat ou la vente
devra figurer sur le livre des amortissements.
Pour finir sur ce point, il doit, en plus de la déclaration d'ensemble des revenus n°2042, souscrire une déclaration n°2035.

- Les conditions d'assujettissement à la TVA
La règle en la matière est la suivante : Un membre d'une profession médicale ou paramédicale qui demande à être remplacé par un confrère ou
un étudiant en médecine, à titre occasionnel, est autorisé à ne pas soumettre à la TVA les honoraires rétrocédés.
Cette mesure s'applique quels que soient les motifs pour lesquels le médecin remplacé fait appel à un remplaçant (maladie, congé, formation
post-universitaire etc) dès lors que le remplacement revêt un caractère occasionnel (Instruction du 15/03/1977, 3 A-10-77 ;
Instruction du 1er/03/1988, 3 A-6-88).

La difficulté est alors de savoir ce que signifie « remplacement occasionnel ». Il n'existe pas de dispositions claires et précises en la matière.
Une lettre ministérielle adressée le 12 janvier 1988 au président du Conseil Départemental du Val d'Oise des Médecins a simplement indiqué
que ne sont pas soumis à TVA, les honoraires retenus par un médecin qui demande à un étudiant en médecine de le remplacer une fois par
semaine afin de disposer d'une journée de repos, d'exercer un mandat électif ou de suivre une formation post-universitaire à l'hôpital sans
être contraint de fermer son cabinet.

Nous pouvons déduire des différentes instructions de l'administration fiscale, qu'un remplacement injustifié et irrégulier est soumis à TVA.
Cependant, en l'absence de dispositions légales précises, l'imposition à la TVA relève, en fait, d'une analyse au cas par cas.

- La contribution économique territoriale

Cette contribution est composée :

• d’une cotisation foncière des entreprises (CFE) assise sur les seules valeurs locatives des biens utilisés à titre professionnel et passibles d’une taxe foncière. Contrairement à la taxe professionnelle, les équipements et les biens mobiliers ne sont pas compris dans la base d’imposition. De même, les recettes des titulaires des bénéfices non commerciaux ne sont plus à prendre en compte.
• d’une cotisation sur la valeur ajoutée des entreprise (CVAE) assise sur la valeur ajoutée des entreprises dont le Chiffre d’Affaires est supérieur à 152 500 euros. Cette cotisation est déterminée par l’application d’un taux progressif en fonction du chiffre d’affaires : Il est de 0% pour les entreprises dont le Chiffre d’Affaires est inférieur à 500 000 euros et 1,5% si le CA est supérieur à 500 000 euros. Ainsi, seules les entreprises dont le chiffre d’affaires excède 500 000 euros sont redevable de la CVAE.

Cas particulier du remplaçant

Des décisions du Conseil d’Etat du 10 juillet 1985 n°50262 et du 21 décembre 1990 n°75526 ont précisé que les médecins remplaçants ou les étudiants en médecine qui effectuent fréquemment des remplacements sont imposables à la Taxe Professionnelle dès lors que la durée des remplacements, répartie sur plusieurs mois, et l’importance des honoraires perçus sont caractéristiques d’une activité professionnelle réalisée à titre habituel. Cette jurisprudence s’applique par extension à la CFE.

Toutefois, cette jurisprudence n’a pas clairement déterminé ce qu’elle considérait comme étant « l’importance des honoraires perçus ». En cas de litige, l’administration fiscale et/ou le juge procèdent à une analyse au cas par cas.

Il est à noter que des actes isolés ou présentant un caractère accidentel, occasionnel ou exceptionnel ne sont pas soumis à la CFE (exemple : un étudiant en médecine qui a assuré des remplacements d’une durée inférieure à deux mois par an et ne procurant que des revenus bruts compris entre 3811€ et 4725€, ne peut être regardé comme ayant exercé à titre habituel une activité professionnelle et n’est donc pas imposable - arrêt du Conseil d’Etat du 19/11/1986, n°51769)

Concernant le lieu d’imposition d’un praticien remplaçant, l’article 1473 al. 2 du CGI dispose qu’il est constitué par le lieu de son principal établissement mentionné sur sa déclaration de résultats.

La Cour d’Appel Administrative de Nantes a décidé dans un arrêt du 21/07/2009 n°08NT03282 qu’un médecin remplaçant, soumis à la taxe professionnelle en qualité de titulaire de bénéfices non commerciaux, qui a assuré son activité dans les locaux professionnels des confrères remplacés, doit être considéré comme ayant effectivement utilisés les locaux et en ayant disposé au sens de l’article 1473 du CGI.

Dès lors, le cabinet dans lequel s’est déroulé un remplacement de 6 mois sur une durée totale d’activité de 9 mois doit être considéré comme le principal établissement au sens de l’article 1473 al. 2 du CGI alors même que le contribuable a indiqué l’adresse de son domicile dans sa déclaration de résultat.

Le présent arrêt de la CAA donne donc une nouvelle définition du « principal établissement ». Il ne s’agit plus systématiquement de l’adresse figurant sur la déclaration de résultats mais plutôt de celle au sein de laquelle la durée du remplacement a été la plus longue.