La rédaction d’une ordonnance médicamenteuse à distance, même si elle rend impossible l’examen clinique du malade, qui est en principe le préalable indispensable à toute prescription (article R. 5132-3 CSP), est largement admise, notamment depuis la loi n° 2004-810 du 13 août 2004 relative à l’assurance maladie qui dispose dans son article 34 :
«  Une ordonnance comportant des prescriptions de soins ou de médicaments peut être formulée par courriel dès lors que son auteur peut être dûment identifié, qu’elle a été établie, transmise et conservée dans des conditions propres à garantir son intégrité et sa confidentialité, et à condition qu’un examen clinique du patient ait été réalisé préalablement, sauf à titre exceptionnel en cas d’urgence ».

Une prescription par courriel est donc désormais autorisée dans les mêmes conditions qu’une prescription classique, avec toujours l’exigence d’un examen clinique préalable, sauf cas exceptionnel de l’urgence. Mais qu’en est-il de l’envoi par télécopie, qui n’est pas évoqué par les textes ?

Les notions de courriel et de télécopie ne peuvent être assimilées, car leurs caractéristiques sont très différentes : le terme « courriel », synonyme de « courrier électronique » ou « e-mail », est un document informatisé qu'un utilisateur saisit, envoie ou consulte en différé, par l'intermédiaire d'un réseau. En revanche, un fax ou télécopie constitue une « reproduction de documents par les télécommunications ».
Les conditions de transmission, et donc la confidentialité qui entoure l’envoi, ne sont pas les mêmes : l’auteur des courriels peut aisément être identifié par sa signature électronique, et l’heure et la date d’envoi du message apparaissent clairement. En principe, seul le destinataire du courriel peut le lire, après s’être identifié électroniquement. En revanche, il y a plus d’incertitude sur l’identité de la personne qui envoie un fax, et une fois reçu, le document peut être facilement vu par plusieurs personnes puisqu’il apparaît « physiquement » sous forme papier.

Une appréciation restrictive de la loi du 13 août 2004 incite donc à penser que la pratique des ordonnances faxées n’est pas licite.
Les récentes recommandations de la HAS sur la prescription médicamenteuse par téléphone dans le cadre de la régulation médicale de février 2009 semblent également réservées sur la pratique des ordonnances faxées. Il y est indiqué au paragraphe 5.2 que « cette ordonnance écrite devra être transmise à la pharmacie déterminée avec le patient, de préférence par courriel sécurisé ou, en cas d’impossibilité, par télécopie ». Dans le paragraphe 5.6 intitulé « En fonction des supports disponibles, comment assurer la confidentialité des informations, la sécurité et la traçabilité des documents ? », il est indiqué que « les médecins régulateurs et les pharmaciens sont responsables, chacun pour ce qui les concerne, du respect de la confidentialité des documents. Cependant, un envoi par fax ne peut garantir une complète confidentialité, il est donc recommandé de préférer un envoi par courriel sécurisé chaque fois que cela est possible ».

S’il ne paraît donc pas totalement exclu, le fax ne doit être utilisé qu’en dernier recours, en cas d’impossibilité d’utiliser un autre moyen.
Pour sa part, le Conseil de l’Ordre des médecins, interrogé sur ce point délicat, a adopté le 15 octobre 2004 un rapport intitulé : « L’activité téléphonique auprès du patient : peut on admettre la prescription téléphonique et à quelles conditions ? » dans lequel il reconnaît que la pratique des ordonnances faxées, si elle paraît contraire à l’article R.5132-3 du CSP précité, fait « d’ores et déjà partie du paysage législatif » du fait de l’article 34 de la loi du 13 août 2004.

Si, comme le Conseil de l’Ordre, on estime que la pratique de l’ordonnance faxée est légitimée (toujours bien sûr en cas d’urgence) par la loi de 2004, il paraît malgré tout indispensable que le médecin régulateur prenne certaines précautions, en doublant par exemple le fax d’un appel téléphonique de confirmation à la pharmacie, ou, mieux encore, de s’engager à lui transmettre rapidement l’ordonnance originale.