Facturation électronique et profession libérale : suis-je concerné et que faire ?

Facturation électronique, de quoi parle-t-on exactement ?

Une facture électronique est une facture émise, transmise et reçue dans un format lisible automatiquement par les logiciels de gestion et de comptabilité. Elle circule dans l'un des trois formats normalisés reconnus par l'administration : Factur-X, UBL ou CII. Elle ne transite plus par un simple e-mail, mais par une plateforme agréée par l'État qui contrôle le format et en assure la traçabilité. L'objectif de la réforme vise à lutter contre la fraude à la TVA et de simplifier, à terme, les obligations déclaratives des professionnels. 

Dans sa mise en place, la réforme se présente en deux grandes actions. La facturation électronique concerne l'émission et la réception des factures entre professionnels assujettis à la TVA. D’un autre côté, il y a tout un volet relatif à l'e-reporting et à la transmission à l'administration fiscale des données de certaines opérations comme les ventes réalisées auprès de particuliers. Retenez bien cette distinction, car elle détermine, pour chaque situation, ce que vous aurez ou non à faire. 

Suis-je concerné par la facturation électronique ?

Un professionnel libéral est assujetti à la TVA au sens fiscal, même si ses actes en sont exonérés. Mais en dépit de cette exonération, il reste soumis à la facturation électronique. On distingue alors deux grands cas de figure :

Vous réalisez uniquement des actes de soins 

Les actes de soins sont exonérés de TVA au titre de l'article 261-4-1° du Code général des impôts. Il n’y a donc aucune obligation d'émettre des factures électroniques pour ces actes. La seule obligation dans ce cas de figure, à compter du 1^er septembre 2026, est de pouvoir recevoir les factures électroniques des fournisseurs. C'est le cas de la grande majorité des médecins, infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, sages-femmes et chirurgiens-dentistes en actes conventionnés. 

Vous avez une activité soumise à TVA à côté

Dès qu'une partie de l’activité sort du cadre du soin remboursable, elle peut être soumise à la TVA. Sont notamment concernés : les expertises judiciaires, les formations, la médecine esthétique non thérapeutique, la vente de produits ou encore la redevance versée par un remplaçant ou un collaborateur pour l'usage du cabinet. Sur cette part d'activité, la facturation électronique s'applique : émission de factures électroniques si vous facturez un professionnel, e-reporting si vous facturez un particulier.  

En résumé, trois obligations existent, mais elles ne s'appliquent pas à tous les professionnels de santé libéraux. Le tableau ci-dessous résume qui doit faire quoi selon son activité : 

À partir de quand ? Le calendrier qui vous concerne

Pour un professionnel libéral, deux dates comptent :

• Le 1^er septembre 2026, il faudra être en mesure de recevoir les factures fournisseurs au format électronique.
• Le 1^er septembre 2027, si une part de l’activité est soumise à la TVA, il faudra pouvoir émettre des factures électroniques pour cette part. 

Qu'est-ce qui change dans mon quotidien ?

Côté patients et Assurance Maladie

Rien ne change. La feuille de soins, la carte Vitale, la télétransmission à l'Assurance Maladie et le tiers payant restent identiques. Les actes de soins ne deviennent pas des factures électroniques. Les patients ne verront aucune différence. 

Côté fournisseurs

En revanche, côté fournisseurs, la facturation électronique amène des changements pour les professionnels de santé libéraux. Les fournisseurs assujettis à la TVA (matériel médical, bailleur, logiciel métier, énergie, expert-comptable…) ne pourront plus envoyer un simple PDF par e-mail. Leurs factures arriveront au format électronique, via la plateforme que vous aurez désignée. Pour simplifier, la facture d’un grossiste ou du bailleur atterrira directement dans l’espace de votre plateforme, prête à être payée et transmise à votre comptable.  

Au-delà du changement de process que cela implique, la facturation électronique a des avantages notables avec des factures centralisées, classées automatiquement, moins de ressaisies et un lien direct avec votre comptabilité. 

Quelles démarches dois-je entreprendre ?

Vérifier votre situation de TVA

En premier lieu, il faut faire le point, idéalement avec un expert-comptable, sur la nature des revenus. Le professionnel libéral doit identifier la part exonérée (les soins) et l'éventuelle part taxable (expertises, formations, ventes).  

Choisir et désigner une plateforme agréée 

La plateforme agréée (PA, anciennement PDP) est le canal obligatoire pour recevoir et, le cas échéant, émettre des factures. Plus d'une centaine de plateformes sont déjà immatriculées par l'administration fiscale. Il est possible de les comparer sur trois critères : la connexion à votre logiciel métier, le tarif et la qualité de l'accompagnement. 

Vous référencer dans l'annuaire

Une fois la plateforme choisie, votre entreprise doit être correctement référencée dans l'annuaire central qui achemine les factures vers la bonne adresse électronique. L'administration a prévu des corrections en masse sur les données des professionnels de santé, certaines étant mal renseignées à l'origine. Vérifiez que votre numéro SIREN est bien reconnu. 

Vérifier vos outils existants

Il est préférable de s’assurer que votre logiciel de gestion ou de comptabilité est compatible avec la facturation électronique. De nombreux éditeurs intègrent désormais cette fonction ou s'interfacent avec une plateforme agréée. 

La facturation électronique avec le compte MACSF.one

Le compte bancaire professionnel MACSF.one intègre déjà la facturation électronique avec l'obligation qui concerne en premier les professions libérales : la réception. Il suffit alors d’inscrire gratuitement son entreprise à la facturation électronique directement depuis son espace.  

Une fois l'inscription validée, les fournisseurs envoient leurs factures électroniques sur MACSF.one. Celles-ci sont centralisées dans votre espace client sans manipulation supplémentaire. Vous pouvez ensuite les payer et les rapprocher automatiquement dans votre console. L'activation se fait en quelques étapes avec une vérification d'identité réalisée auprès de la plateforme agréée partenaire. 

Pour aller plus loin, vous pouvez lire notre article sur tous les atouts d'un compte bancaire professionnel dédié aux soignants > 

Le point de vigilance : données de santé

Les factures entre professionnels de santé peuvent contenir des informations sensibles. Il faut alors impérativement sélectionner une plateforme dont l'hébergement est situé en France ou dans l'Union européenne, idéalement certifié HDS (hébergeur de données de santé).  

Quels risques si je n'anticipe pas ?

Le premier risque, et pas des moindres, est lié à l’opérationnel du cabinet : sans plateforme désignée, le professionnel libéral ne pourra tout simplement plus recevoir les factures de ses fournisseurs au 1^er septembre 2026. En outre, le défaut de facturation électronique est sanctionné de 15€ par facture, dans la limite de 15 000€ par an. Le défaut d'e-reporting, lorsqu'il s'applique, est sanctionné de 250€ par transmission, dans la même limite annuelle.  

Il est donc préférable d’anticiper dès que possible le passage à la facturation électronique pour tous les professionnels de santé libéraux.